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YASARA View——分子结构可视化软件

YASARA View: 基本的可视化模块,是一个完全免费的模块。

YASARA View免费下载和使用,其包含所有你需要研究大分子结构的功能。同时,你将获得YASARA先进的3D可视化界面,这比你所知的OpenGL的速度高达10倍(见基准),你能同时加载多个结构,制作高质量图片,包括标签,并编程自己的macros和Python插件。YASARA中含有多媒体演示和高阶教程的YASARA Movie,以及YASARA Python模块。

 

主要特征:

•跨平台,易于安装:Windows,Linux和Mac OS X均在同一个目录下,可直接从USB上运行。
•全屏生动形象的分子图片:比OpenGL处理高达10倍,甚至在CPK模式下核糖体也能顺利旋转。支持最新GPU着色器的功能,如硬件曲面细分,即GPU可增加多边形网格的空间细节(例如表面和二级结构)。
•平行(交互)和透视投影。
•交互式盒子,手形/套锁或球形选择原则工具。
•支持70余种分子文件(基于OpenBabel)。
•可从RCSB或PDB_REDO中下载PDB文件。
•由于实时阴影和环境照明,从而拥有最佳深度感知,即使在旧的硬件设施上。
•所有常见的图形模式:CPK, balls & sticks, sticks, traces, tubes, ribbons, cartoons, labels, arrows。
•交互的二级结构变形器,可在现实(接近Caipha)和理想化二级结构显示中完美插入,还被设置以无数种显示方式来匹配你最喜欢的二级结构造型。
•Ray-tracing确保任意分辨率的图像其出版质量,可交互移动光源,调整阴影。
•可在顺序保证和质量指示下改变任何PDB文件的颜色(DSSP/PDB Finder2自动绘制)。
•叠合结构和结构系综,计算出适当的RMSDs。
•根据多种方法对蛋白质的结构和序列进行匹配,并在PDB中自动识别相关结构。
•测量距离,角度,二面角。
•建立原子,残基,肽链和突变氨基酸。
•可视化接触,氢键,和疏水/π-π/阳离子-π相互作用。
•从无到有,创立形象的3D结构,或1D、2D分子,以及把它们转化回2D结构式。
•自动分配键长和丢失的氢原子。
•分析和改变原子的B-factors和占有率,重命名和编号原子和残基。
•极速算法实时显示和更新范德华力,分子和溶剂可及表面。
•使用Python脚本语言来扩展YASARA功能。
•通过Python脚本运行YASARA,如’import yasara’。
•简单的Yanacondamacro语言可将你的工作自动化,灵活操作。
•电子学习功能:互动式教程提供了有关分子结构,建模和模拟的知识。

 

YASARA View官网下载地址:http://www.yasara.org/viewdl.htm

 

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