VMD——经典分子可视化软件

VMD 是 Visual Molecular Dynamics 的缩写，是一个分子可视化分析工具，适用于蛋白质、核酸、脂双层，RNA，DNA等的分子动力学轨迹分析和作图，同时也支持有机分子轨道和电子分布的作图。VMD可以用来查看一般的分子，读取标准的蛋白质数据库（PDB）文件，并显示所包含的结构。

VMD 提供了各种渲染和着色分子的方法，包括：简单的点和线、CPK球体和圆柱体、licorice bonds、backbone tubes and ribbons、卡通绘画和其他。VMD可用于动画和分析的分子动力学（MD）模拟的轨迹，在特殊情况下，可以充当外部MD方案作为一个图形化的前端显示和远程计算机上进行模拟动画分子，它使用大型结构的高性能渲染的OpenGL和OpenGL可编程着色语言。

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