分子动力学 molecular-dynamics

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服务简介
分子动力学(Molecular Dynamics, MD)模拟是近年来飞速发展的一种分子模拟方法,它以经典力学、量子力学、统计力学为基础, 以在由分子体系的不同状态构成的系综中抽取样本,从而计算体系的构型积分,并以构型积分的结果为基础进一步计算体系的结构、热力学量和其他宏观性质。 分子动力学模拟已经被广泛应用于化学化工、材料科学与工程、物理、生物医药等科学和技术领域,起到越来越重要的作用。该技术不仅可以得到原子的运动轨迹,还可以观察到原子运动过程中各种微观细节。它是对理论计算和实验的有力补充。另一方面,由于存在该方法的程序使用较复杂 (需命令行操作)、计算量大 (需高性能计算平台) 、学习较难( 需化学、生物学、分子力学等理论基础 )等因素,大大制约了分子动力学方法在实验科研者当中的普及。

 

分子动力学模拟可用于研究:

1、大分子与小分子相互作用,如:预测药物分子与蛋白/DNA的相互作用,材料吸附等)

2、大分子之间的相互作用(蛋白-蛋白相互作用)

3、分子(药物、蛋白、材料分子)三维结构的优化,如优化同源模建的结构

4、结构与功能、性质的关系

 

分子动力学模拟一般流程:

分子动力学模拟的流程大致可分为体系构建、能量优化与模拟、数据分析等三个阶段。

可选分析项目可包括:

1、分子构象采样(聚类分析、优势构象识别)

2、相互作用分析(氢键网络、Contact-Map)

3、结合自由能计算(MM-PBSA、TI、FEP)

4、骨架波动分析(RMSD、RMSF)

5、热点残基分析(Alanine-scanning,Energy-decomposition)

6、构象转变分析(PCA、Energy-landscapeplotting)

7、理化性质分析(能量、体积、压强、温度、密度监测)

 

服务特色:

分迪科技拥有一支优秀的分子模拟和药物设计团队,具有丰富的研究经验和高质量的项目执行能力,能为客户提供优质的分子动力学模拟服务。本服务可使用分子模拟软件YASARA完成,还可与其他优秀的分子模拟软件(如LeadIT)配套使用,发挥协同优势。全部计算完成之后,可以按照委托方的要求出具中英文分析报告,也可以协助英文学术论文或专利等的写作,以及提供投稿建议等。

 

服务价格

我们会针对客户具体需求,量身定做高性价比的服务方案。如果您有兴趣咨询,请与我们联系。

 

服务流程

客户提出需求-> 分迪科技提供初步方案->双方协商方案细节与定价->分迪科技提供分子动力学结果->客户反馈->后续跟进服务

 

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