分子对接 molecular-docking

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服务介绍:

分子对接(molecular docking)是基于钥匙理论,通过研究配体与受体(生物大分子)之间的相互作用,预测两者结合模式和亲和力进而从分子层面解释配体起作用的机制,也是实现基于结构的药物设计的一种重要的方法。

 

分子对接可分为三类:

一、小分子与蛋白(RNA、DNA)的分子对接

用于药物小分子与蛋白的相互作用机制解释,药物小分子的设计、药物活性分子的虚拟筛选和药物生物手性拆分等方向的研究;也常用于酶与底物的作用机制研究,可用于环境污染物的降解,食品中天然产物分子的活力研究等方向。

1、探索药物小分子和大分子受体的具体作用方式和结合构型;

2、筛选可以与靶点结合的先导药物;

3、解释药物分子产生活性的原因;

4、指导合理地优化药物分子结构。

 

二、小分子与小分子(环糊精等)的对接

用于小分子与小分子间的相互作用初步研究,在环糊精的包裹研究中可以研究药物分子的选择性机理,解释手性分子的包裹机制。其研究得到的分子相互作用的构象,可为后续的分子动力学,或者量化计算打下基础。在分子印迹方面的研究,也可以利用分子对接,寻找其作用位点。在药物手性拆分领域,也有分子对接的应用。

 

三、大分子(蛋白、RNA和DNA)-蛋白分子对接

用于大分子蛋白间的相互作用研究,其中包含蛋白-蛋白对接,抗体-抗原对接,多肽-蛋白对接,RNA、DNA-蛋白对接。在疾病的作用机制研究方面有重要作用;在研究生物制剂药物的机理,设计更优的抗体或蛋白改造等方面有更多的实际应用。分子对接后的结果,可为后续的分子动力学计算打下基础。

1、探索多肽、抗体或蛋白和大分子受体的具体作用方式和结合构型;

2、筛选可以与靶点结合的先导药物;

3、解释生物分子(蛋白)药物产生活性的原因;

4、指导合理地优化药物分子(突变蛋白或者改造蛋白)。

 

 

分子对接一般分为以下步骤:

1、受体结构准备:通过数据库下载或同源模建构建受体三维结构;

2、药物分子准备:通过晶体数据库下载或者分子模拟方法构建药物分子三维结构;

3、对接前处理:处理配体和受体,选择靶点;

4、提交任务:针对不同的体系,选择合适的对接软和参数进行对接。

5、分析和图形化结果。

 

服务特色

1、本服务可使用国际上领先的药物设计软件BioSolveIT以及优秀的对接软件FlexX。FlexX 是国际领先的对接程序,能考虑蛋白的柔性,良好的水分子、金属离子介导的相互作用模型。

2、分迪科技拥有一支优秀的分子模拟和药物设计团队,技术人员拥有丰富的大型制药企业研究经验和高质量的项目执行能力,能为客户提供优质的分子对接服务。

 

服务价格

我们会针对客户具体需求,量身定做高性价比的服务方案。如果您有兴趣咨询,请与我们联系。

 

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电子邮箱:sales@moldesigner.com
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