同源模建 homology-modeling

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同源模建技术服务介绍

1、什么是同源模建

蛋白质三维结构是理解其生物学功能和进行基于结构的药物设计的重要基础。随着结构生物学的快速发展,使用NMR或X-Ray晶体学等方法测量蛋白三维结构的速度得到了很大提高。NMR可用于在溶液中小蛋白或者蛋白活性位点的解析,而X-Ray解析的蛋白质也受其分子量的限制,且很多蛋白和蛋白复合物难于结晶,导致一些蛋白的三维结构仍然难以测定。为了解决这一问题,科学家们通过计算模拟的手段来构建这些蛋白的三维结构。

 

2、同源模建的一般方法

目前常用的有两种方法来实现蛋白的三维结构模建。

(1) 蛋白质从头模建,也叫从头预测法,从头预测是不依赖模板仅从氨基酸序列信息得到天然结构,它的关键是正确定义能量函数、精确选用计算机搜索算法来寻找能量最低值,然而选择正确的能量函数和搜寻能量最低值都不是件容易的事情,因此这种方法目前使用得不是很广泛,还在发展中,期望有一天能有重大突破。

(2) 蛋白质同源模建。机建模方法中,同源模建 (Homology Modeling)是一种技术最为成熟、准确度最高、结果最为可靠的手段。同源模建 (Homology Modeling)的基本假设是:如果未知结构蛋白A与已知结构蛋白B之间具有序列、结构和功能上的同源性,则蛋白A可以以蛋白B为模版来构建其全原子三维结构。

 

高质量的同源建模的结果可以帮助研究人员了解目标蛋白的结构性质,分析与研究其“结构—功能”关系,以便研究蛋白-蛋白相互作用,蛋白-DNA、RNA和小分子药物、多肽相互作用。可用于阐明蛋白作用机制,药物的虚拟筛选,药物的设计,以发现某种疾病的潜在治疗药物。

 

3、我们提供的同源模建服务内容

基于我们在生物医学领域内丰富的专业知识和技术,我们向广大客户提供以下方面的蛋白同源建模服务:
(1)普通蛋白同源建模
(2)GPCR蛋白建模
(3)激酶蛋白建模
(4)抗体建模
(5)同源多聚体的蛋白同源模建
(6)异源多聚体的蛋白同源模建
服务特色

我们采用国际上领先的综合分子模拟及药物设计软件YASARA为工具,它具有以下特点:
1、蛋白数据库全面,更新及时。
2、多模板建模,支持分段模建(不同部分来自于不同蛋白)
3、在有配体、辅基或其他分子存在的情况下进行“诱导-契合”建模
4、可进行二聚体、三聚体或四聚体建模
服务价格

我们会针对客户具体需求,量身定做高性价比的服务方案。如果您有兴趣咨询,请与我们联系。

 

联系电话:028 85160035
电子邮箱:sales@moldesigner.com
请在工作日9:00 ~ 18:00 联系我们,其他时间请发送邮件。

 

 

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