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RECORE——骨架跃迁软件

RECORE 是LeadIT中的骨架跃迁(Scaffold hopping)模块。

Recore

如其名字所寓意的,ReCore定位并去除分子的核心,并且在3D-片段库中寻找合适的替代核心,形成一个新的骨架。在这个过程中保持周围的部件不变以产生一个化学上不同的查询化合物。ReCore是Patrick Maass在汉堡大学的生物信息学中心与.罗氏公司合作开发的。这个软件的开发人员最近把它应用在基于小分子晶体结构构象的骨架迁越上。与传统药物化学致力于产生活性化合物的类似物的策略不同,核心迁越通过保留一个潜在的先导化合物的活性,搜索新的骨架。这个策略中使用的计算工具的目标是与结合相关的性质,而不是与化学结构相关的性质。基于片段的设计策略可以被用来对骨架迁越提供支持。BioSolveIT 公司CEO Christian Lemmen说,利用计算机的配基设计的主要困难是“能否对结合亲和性进行准确预测的问题以及检测低亲和性结合物的能力的问题,这些问题在对于片段的情况下是经常出现的。”他解释到,BioSolveIT的ReCore是一个基于配基的设计工具,“这个工具通过仅仅选取连接核心片段与其R-基团的向量进行配基结构的提取。”(J. Chem. Inf. Model. 2007; doi: 10.1021/ci060094h)。

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