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YASARA Dynamic——分子动力学软件

 YASARA Dynamics = YASARA Model + 分子动力学模块

YASARA Dynamics包含YASARA Model,支持分子模拟。除了YASARA自身开发的力场(NOVA,YAMBER),你还可以使用其他知名力场如AMBER,再水溶液中以PME长程静电进行精确的全原子动力学模拟。YASARA Dynamics 其输入和输出文件不再是以“黑盒子”出现,而是在屏幕上实时显示MD模拟。在屏幕上你可以看到原子间的相互作用,原子碰撞或整个原子的周围环境,最终进行相关模拟工作。这类工作, Cyrus Levinthal在1966年的时候已经开展了。(“do the same type of pulling and pushing in the computer that we can do with our hands while building actual models. “, cited from an article in Scientific American)。

 

主要特点:
•包含YASARA View和Model模块的所有特征。
•可以快速的设置蛋白起始结构(修复蛋白结构),预测各个残基的pKa值,指定配体质子化状态以及自动加抗衡离子。
最快的分子动力学模拟算法(Benchmarks)和能量最小化非周期或周期性三斜晶系模拟盒子。
•支持常用的AMBER力场(94, 96, 99, 03)以及YASARA改进的YAMBER(1,2,3)力场,还有YASARA自身开发的NOVA力场,也可以自定义力场。
•精确的PME长程静电相互作用处理方法。
•可在多个CPU或多CPU核心上以较为理想的速度进行并行计算和重复模拟。
•以LINCS 和SETTLE约束键长和水分子,以达到最大时间步长。
•以Poisson-Boltzmann 或 PME methods计算能量,结合能和溶剂化能。
•进行一个相互作用模拟:将原子或者输入分子放一块,修正自由的原子,添加约束,切换力场相关项。
•以Poisson-Boltzmann 或 PME methods计算静电势能,可视化其密度,轮廓和表面。
•可一键MD,自动生成小分子MD时的拓扑文件(利用内置的全自动力场参数分配程序,基于通用AMBER力场)。
•只需要提供膜蛋白初始结构,一键运行膜蛋白分子动力学模拟。
•自动修复cis-肽键和有误的空间立体结构,为同源建模做精修。
•用内置的MPOAC进行空间优化,用YAPAC以半经验MNDO/AM1/PM3进行量子化学计算。
•分析构象变化轨迹,计算平均结构,RMSD, RMSF, RDF和动态相关性矩阵。
•保持sim或xtc轨迹文件。
•构建寡糖单元和低聚糖模型,用于研究配体为糖分子的体系。

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