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最新版Pymol2.3安装过程指南

发布时间:2018/09/28 科研工具 浏览次数:650

最新版Pymol2.3的效果





你是否发现Pymol新的版本已经下载不到安装版了?


你还在担心Pymol是商业软件不敢使用?


以下是Pymol官方网站对版权的描述。


“Open-Source Philosophy

PyMOL is a commercial product, but we make most of its source code freely available under a permissive license. The open source project is maintained by Schrödinger and ultimately funded by everyone who purchases a PyMOL license. 

Open source enables open science.
This was the vision of the original PyMOL author Warren L. DeLano.”


从此描述来看,Pymol是一个开源项目,这是其创始者Warren Lyford DeLano老先生一直坚持的。


你大可以放心的免费使用源码编译后的Pymol用于学术研究。
 


当然,不要忘记了 致谢


生物分子模拟论坛BioMS.org自2012年创办以来一直为大家分享Pymol的相关教程,并有专门的版面讨论Pymol的使用技巧,这里将持续更新最新编译的Pymol



 

接下来我们将分享如何永久免费的使用最新版的Pymol了!


该方法支持三大操作系统Windows、Linux、Mac。


这里我们以Windows10操作系统为例。



第一步:下载Anaconda

新手建议选择Python 3.6 Version

(如果你电脑中还有需使用Pyhon 2.7的软件,建议选用Python 2.7 Version,后续设置环境变量。)

 

https://www.anaconda.com/download/



第二步:安装Anaconda

建议新手在选项页面打钩。

(熟悉环境变量设置的朋友可以不用勾选,安装完后手动设置会更好。)

安装过程需要较长时间,请耐心等待。



第三步:下载Pymol

从BioMS.org论坛帖子的附件中下载最新的Pymol 2.3( pymol-2.3.0a0-cp36-cp36m-win_amd64.whl

下载地址:http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=42337



第四步:安装Pymol

首先在下载了pymol2.3.0a0cp36cp36mwin_amd64.whl的文件夹中,按住Shift键点击鼠标右键,点选“在此处打开Powershell窗口(S)”。


当然也可以使用Anaconda Prompt终端

其次,在命令行输入“pip install pmw”。

 

然后在命令行输入“pip install pymol‑2.3.0a0‑cp36‑cp36m‑win_amd64.whl”。

 

最后,进入Anaconda的安装目录,找到Anaconda3\Scripts文件夹,里面有pymol.exe执行文件,做一个快捷方式放桌面吧!



第五步:运行pymol显示一个例子

双击pymol.exe打开程序,可以看到最新的2.3版本正常运行了。

 

下面是一个例子,PDB ID:2RGU,可以看到新版的pymol在使用ray命令后,背景自动透明,且无水印!

 

保存为png格式,如下图。


好了!现在你可以永久免费的使用最新版的Pymol了。

如果还有什么问题,欢迎留言讨论,或访问生物分子模拟论坛http://bioms.org研讨。



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