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PoseView

发布时间:2018/07/30 软件 浏览次数:674

PoseView简介

PoseView自动生成蛋白质-配体复合物的高质量2D结构图。输入来自数据库的晶体结构或通过对接计算获得的复合物。

 

PoseView功能

可视化蛋白质-配体复合物2D图形;

自动生成出版品质的图形;

导出各种图形格式。

黑色虚线表示氢键,绿色实线表示疏水相互作用,绿色虚线表示芳香族相互作用。

PoseView特点

输入可以作为原始PDB或FlexX特定的RDF符号提供。配体需要以mol2文件的形式提供。

输出可以在GUI中显示或导出为PNG、PDF或XFIG文件。XFIG文件提供了在图形程序XFIG中修改图形的机会。

可以选择各种显示选项,例如显示/隐藏相互作用能量,显示/隐藏疏水接触,以及几种标记选项。

PoseView可用于命令行以进行多数据的高吞吐量处理,或通过直观的图形用户界面。

 

参考资料

[1] Stierand K, Rarey M. From modeling to medicinal chemistry: automatic generation of two-dimensional complex diagrams[J]. Chemmedchem, 2007, 2(6):853.

[2] Stierand K, Rarey M. Drawing the PDB: Protein−Ligand Complexes in Two Dimensions[J]. Acs Medicinal Chemistry Letters, 2010, 1(9):540-5.

 

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