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VMD——经典分子可视化软件

发布时间:2014/10/30 科研工具 浏览次数:450

VMD 是 Visual Molecular Dynamics 的缩写,是一个分子可视化分析工具,适用于蛋白质、核酸、脂双层,RNA,DNA等的分子动力学轨迹分析和作图,同时也支持有机分子轨道和电子分布的作图。VMD可以用来查看一般的分子,读取标准的蛋白质数据库(PDB)文件,并显示所包含的结构。

 

VMD 提供了各种渲染和着色分子的方法,包括:简单的点和线、CPK球体和圆柱体、licorice bonds、backbone tubes and ribbons、卡通绘画和其他。VMD可用于动画和分析的分子动力学(MD)模拟的轨迹,在特殊情况下,可以充当外部MD方案作为一个图形化的前端显示和远程计算机上进行模拟动画分子,它使用大型结构的高性能渲染的OpenGL和OpenGL可编程着色语言。

 

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